几个世纪中，“自生论”(同样是无神论)阻碍了进化论的普及。令人奇怪的是当初人们并为将化石看作是进化论的证据--而如今它们却被视为是举足轻重的！那个时代的科学家一定也知道化石的存在，因为早在古希腊时期就有人发现了化石，当时他们即认为这是生物遗骸的“石化”。然而后来人们不再认为化石和动物之间有什么关系，他们相信化石是在石头里由太阳和星星作用产生的，这种迷信思想阻止了科学的进一步探索。一直到中世纪，人们才又改变了看法。

        首先对化石提出科学看法的有Ristoro d’Arezzo。很明显，他相信圣经。在1282年他提出化石证实了圣经上所说的“世界范围的大洪水”。例如，他在一座高山的山顶附近挖出了鱼骨和贝壳的化石。1500年，Leonardo da Vinci在意大利北部开运河时发现了海洋生物的化石。虽然他们的工作在几百年中一直没有引起重视，但也确实说明了早期的化石研究并没有提出“进化论”的设想。

   17世纪，一个叫Steno的人发表了他研究岩石和化石的结果。他第一个设想岩石的各个层次代表着不同的地质年代的岩石沉淀，年代最古老的岩石沉积在最底部。Steno的论点并没有使人们接受进化论，与此相反，17世纪末是“洪水论”的鼎盛时期（人们相信地质现象可以用大洪水来解释）。有一个人对此作出了巨大的贡献，他就是John Woodward博士，曾被某些人讥讽地称为“洪水灭世论的伟大捍卫者”。

        非基督徒作者亦盛赞Woodward的工作，形容他是个仔细、准确的研究者。他对岩石和化石的辛勤研究并没有使他相信进化论。他认为所有的证据都显示了有一次世界范围的洪水(圣经上的洪水)，岩层并非各个年代堆积而成。化石都是洪水中死去动物的遗骸。

        他的工作十分出色，使人们逐渐接受了他的观点，大洪水的学说广泛传播，人们对化石的兴趣高涨。许多人开始寻找化石，从而开始奠定了古人类学的基础。

       实际上所有早期的古人类学者都反对进化论。他们对化石进行研究后根本没有提出进化的观点，而是提出了地球历史上的确曾经有过一些巨大的灾难使极大部分动物遭到毁灭,变成了化石。

   18世纪末期，人们重新提出进化论。其中之一就是Erasmus Darwin, 查理.达尔文的祖父，他对达尔文产生了较深的影响。另一个是Lamarck，他后来成为一个有名的进化论者。在18世纪末期，Lamarck就在巴黎发表了进化论的演讲，可当时还没有找到可以支持进化论的证据。。他没能使进化论流行起来的原因是又有一个人起来反对它，这就是Georges Cuvier，一个伟大的、充满才气的早期古人类学家，一个在国际上非常著名、非常受尊敬的学者.

   Cuvier 和Lamarck 两人同时在巴黎发表演说。当Lamarck在某个房间里向一些人讲进化论时，Cuvier就在隔壁拥挤的演讲厅里尽他全部的力量发表反对进化论的演说。

    就这样，Cuvier 在几十年中使进化论走投无路。他是一个卓越的人，他对化石的了解几乎到了令人吃惊的地步，但化石所显示的证据从来没有让他联想到“进化”。

    然而可悲的是：虽然Cuvier如此反对进化论，但实际上正是他为进化论以后的成功撒下了一部分种子。与圣经的内容不同，他告诉人们地球上曾有过好几次大灾难，大洪水是其中最常见的。Cuvier是那么有名气、那么令人尊敬，许多人听从了他。自Woodward以来，人们对圣经上记载的大洪水的信仰已经慢慢减弱，这时更进一步遭到了破坏，从而最终为达尔文观点的胜利助了一臂之力。

    当Cuvier在古人类学领域中攻击进化论时，他已经开始对地质学领域产生了影响。被称作“地质学之父”的James Hutton在1795年提出了“均变说”理论。这种理论提出地质变动从古至今都在持续、稳定地进行着， 如今的地貌并不是大灾难（如一次全球性洪水）的结果。  

    继承并发扬了Hutton学说的是Lyell，他的地质学理论极大地影响了达尔文。HUTTON和LYELL完全抛弃了曾有洪水之类大灾难的说法。他们认为地质变化的进程如今也一直在进行,比方河流的冲刷和风蚀,这些足以解释地貌的成因了。他们还进一步发展了Steno的观点，提出不同的岩层是在很长的时期内堆积下来的，最下面的也就是最古老的。