根据普遍承认的观点，对化石的研究是证明进化论最有力的证据。一个现代动物学领袖这样表达他的观点：“进化论最重要的证据来自对古生物的研究。虽然动物学的其他分支研究……可能导致人们怀疑所有的动物都是相互联系的，但是发现了各种化石，而且它们却确确实实地存在于相关的地层和年代提供了现代进化论的实证。”

  　由此我们必须面对一个问题，那就是：化石的记录究竟是证明了进化呢，还是证明了圣经上的观点：特征各异的生物产生于全球大洪水之后。

  　在达尔文以前，化石记录并不完全支持进化论。但自从《物种起源》被接受以后，古生物学家门不得不完全从这个新的角度来考虑问题。1880年，进化论成为科学界的正统，从那时起，任何化石的发现都必须解释得合乎进化论的观点。当时（现在亦是如此），用其它任何方法来解释都被当作异端。

  我们首先来看一下根据进化论化石记录是如何显示的，这有助于我们澄清我们的观点。让我们假定进化论最后被别的方法证实了（不是用古生物学）。如果我们来对化石作一下研究，我们将得出以下结论：

1. 地质柱的最底端，也就是最古老的岩石里可以发现非常简单的生物，越往上（近代岩石），岩层中的生物就越来越高级。
2. “化石链”也会在意料之中。那些现在我们看来没有关系的动物遗骸，比方说鱼和两栖动物，或者爬虫和哺乳动物一脉相传。当我们注意近年代的化石时，我们可以很清楚地发现猿人的证据。
3. 我们理所当然指望岩石自己按照地址柱来排列，最古老的在最底部或接近最底部 ，最年轻的在最上层。
4. 化石和圣经上的观点。

  现在我们来假设圣经关于地球早期的描述是正确的。那我们着望从化石记录中发现什么呢？要回答这个问题，我们必须考虑一下圣经上有关那个时期的观点。

  创世纪第一章告诉我们神先创造了地球，它被水所覆盖。然后他创造了白天和黑夜并把水分为上下两层。水仍旧覆盖着地面但上下之中已经有了一个宽阔的空间（或者说是苍穹）。上层水可能是位于大气之上的一个水或蒸气的罩子，这一层水对大气气候产生了巨大的影响。热的射线从太阳到达地球，但如果没有这个罩子，它们就会辐射回去而逃离地球。由于有了着个罩子，地球就有了一个平稳、温暖的气候，没有太高或太低的波动。

  神造完这个水层之后，把地上所有的水聚集到一起，干地就显露出来了，换句话说就成了一块陆地和一个大洋。然后神造了植物、太阳和月亮、动物，最后是人。当人犯了原罪后居住在地上时，他们还是一次又一次地犯罪，最后神用一次大洪水惩罚人类。这次洪水覆盖了整个地球，杀死了除了在挪亚方舟上的一切动物。

  那么如果这个观点是正确的，化石记录又显示了些什么呢？

1   它显示出的当然是在洪水中死亡的动物遗迹。如果那么多的生物被突然从地球上扫灭，它们就该有这样的迹象：大量的遗骨并带有暴死的痕迹。

2 如果我们发现当时地球各处都或多或少地生活着所有种类的动物，地球呈现为不变的亚热带气候，那也不用惊讶，因为一直有“水盖”在起作用。

3 至于岩石的性质，我们可以预想大水把重的岩石沉积在底部，而这是洪水常见的结果。然后这些岩石变得坚固，组成了覆盖了地球边面的沉积岩。

4 由于洪水有定事涨落的特点，那我们就可以期望不同的潮汐沉积起不同的岩层。而这些岩层在许多地方是不同而且混乱的，因为这场大灾祸整体上是无序的。

5 如此也可以推想大洪水以来还有另外一些灾难造成了化石的堆积。

  现在我们必须从两种观点各自的猜想中回来，看一下化石记录实际上显示了些什么。它是支持了进化论呢还是告诉我们圣经中暗示的特点？我们从六个方面来回顾。

  化石记录显示了岩石中的生物有一个从简单到复杂、逐渐变化的过程吗？

  研究这就可以告诉我们进化论是不是真的。事实上化石显示地球的同一个岩层里有许多不同类的动物同时出现。进化论称这个时期为“寒武纪”。在这层以下是“前寒武纪”，基本上不能发现任何种类的化石。（在“前寒武纪后期”时发现过少数软体动物的化石，比如南澳洲的EDIACARA，但是现代已对它们是否是寒武纪上午的直接祖先表示怀疑。）

  使进化论者感到困窘的是在寒武纪岩石中找不到从简单生物进化到复杂生物时的过渡阶段。事实上突然出现的化石几乎代表了现在世界上所有活着的生物群。这实在是非常重要的。此外，寒武纪化石也不是这些生物群中最简单的生物形式。举例而言，寒武纪化石中有许多许多三叶虫，它们现在已经绝种了，但和小龙虾或LOBSER是一个群种。曾经发现过45厘米长的三叶虫，它们的结构是非常复杂的。

  另一点关于寒武纪岩石的是它们并没有包含许多最简单生物的化石。比方说单细胞生物原生动物在寒武纪岩石中并没有出现，但在稍微高一点点的岩石中却存在许多。进化论老师教我们所有较复杂的动物都是从原生虫进化来，但实际上原生虫在最古老的岩石中并未出现，但在那里却发现了几百个比原生虫更复杂的生命体！

  经常被引用的逐步变化的例子是“马的进化”。化合记录展出了一种被称作“始祖马”的小四趾动物，而含有始祖马的岩层被称作始新世。进化论者声称这就是马的祖先，而在始新世以上的岩层中已经找到了更具有现代马特征的化石。  

  实际上，这些事实并不支持此论调。始祖马看上去更象不是马的祖先，理由如下：

1. 这些马的化石并没有一个叠一个地在岩石中被发现，相反地，始祖马常被发现在岩石的表面部分。
2. 这块化石常常被引用作始祖马进化成现代马的过程中体型逐步变大的证据。实际上这种类比是无效的，因为即使在现代，马一样有许多尺寸。
3. 始祖马和现代马一样有18对肋骨，但是被当作中间过渡种类的OROHIPPUS只有15对，而另一种过渡类型PLIOHIPPUS则有19对。
4. 并没有被广泛认识到的是:EOHIPPUS有和现代动物蹄兔十分相似的骨架。一些科学家相信所谓的始祖马和马根本一点关系也没有，它只是蹄兔的一种变异体。

  化石记录所显示的证据并没有支持简单生物逐渐变化到复杂生物的理论，取而代之的是许多复杂的生物突然出现在化石中，这正是我们从圣经中可以得着的结论。

  近年来，进化论阵营中出现了分裂。一些进化论者不再持“渐变”的观点而转向了另一种理论—-“突变论”这种理论认为进化是一个短而迅速的过程，然后才是一个长期稳定的阶段，在这个阶段种只有少量变化。很重要的是提出这个理论是为了解释为什么岩石中没有“过渡阶段”而并不是发现了它确凿的证据。